卷第一叙论太阳证阳明证少阳证太阴证少阴证厥阴证两感证三阴三阳传病证卷第二可发汗证不可发汗证四逆证和表证可下证（血证附）不可下证可水不可水证可吐不可吐证可灸不可灸证可火不可火证可温证火邪证卷第三结胸证心
自序卷上石膏滑石芒硝甘草黄人参桔梗术白头翁卷中黄连黄芩柴胡贝母细辛当归芎芍药牡丹皮茵陈蒿艾麻黄地黄葶苈大黄大戟甘遂附子半夏芫花五味子栝蒌实葛根防己卷下香豉泽泻薏苡仁薤白干姜杏仁大枣橘皮吴茱萸瓜蒂桂枝浓
自序卷一一明望色之法望色论（附律一条）一明闻声之法闻声论（附律二条）一明辨息之法辨息论（附律一条）一明胸中大气之法大气论（附律一条）一明问病之法问病论（附律一条）一明切脉之法切脉论（附律一条）一明合色
金匮要略论注
凡例卷首前贤医案五脏所司兼五行所属（图缺）动功六字延寿诀太极阴阳动静致病例五轮定位之图八廓定位之图（图缺）五轮歌括五脏主病八廓歌括八廓主病脏腑表里三阴三阳轮廓贯通五运之图六气之图逐年六气总论卷一五轮所
简介序略言存济堂药局修合施送方并加药法
徐序自序卷上脏腑经络先后病脉证第一痉湿病脉证治第二百合狐惑阴阳毒病证治第三疟病脉证并治第四中风历节病脉证并治第五血痹虚劳病脉证并治第六肺痿肺痈咳嗽上气病脉证治第七卷中奔豚气病脉证治第八胸痹心痛短气病脉
卷一医说五脏六腑脉病虚实肝脏脉病虚实心脏脉病虚实脾脏脉病虚实肺脏脉病虚实肾脏脉病虚实胆经虚实病候小肠虚实病候胃经虚实病候大肠虚实病候膀胱经虚实病候三焦虚实病候五脏补泻主治例十二经络奇经八脉诊脉七表八里
治法总论用药歌血头行走穴道歌左右论药中禁忌穴名药名全身门第一头面门第二身中门第三脊背门第四腿足门第五金创门第六杖伤附通用门第七跌损妙方书后谨跋
卷上详注灵枢素问伏气化温诸条详注难经伏气发温诸条详注仲景伏气化温证治各条附注仲景暴感暑热证治各条附注仲景兼感湿温证治各条卷中辨正周禹载温热暑疫各条辨正蒋问斋医略伏邪篇辨正张石顽伤寒绪论温热各条辨正吴又