自序卷上石膏滑石芒硝甘草黄人参桔梗术白头翁卷中黄连黄芩柴胡贝母细辛当归芎芍药牡丹皮茵陈蒿艾麻黄地黄葶苈大黄大戟甘遂附子半夏芫花五味子栝蒌实葛根防己卷下香豉泽泻薏苡仁薤白干姜杏仁大枣橘皮吴茱萸瓜蒂桂枝浓
序一序二卷上例言卷上杂症中风章伤风章中寒章暑病章注夏章湿症章火症章内伤章伤食章六郁章气病章痰病章咳嗽章干咳喘病章哮病章疟病章霍乱章泄泻章痢疾章呃逆章卷中杂症痞块积聚章呕吐恶心章噎膈反胃章吞酸吐酸章水肿
仁斋直指方论
诸病主病诗
简介自序集之一·初生门集之二·肝脏部集之三·心脏部一集之四·心脏部二集之五·心脏部三集之六·心脏部四集之七·脾脏部（上）集之八·脾脏部（下）卷之九·肺脏部·肾脏部
卷一月经门诸论经病门诸论崩漏门诸论带下门诸论女科杂症门热入血室血分水分炙脔梅核瘕癖乳症前阴诸症？？足跟疮肿疮血风疮梦与鬼交卷二嗣育门绪论受胎总论胎前杂症门恶阻子烦妊娠烦躁口干子悬子满子肿子气妊娠腹痛胎
序饮食色欲箴序阳有余阴不足论治病必求其本论涩脉论养老论慈幼论夏月伏阴在内论豆疮陈氏方论痛风论疟论病邪虽实胃气伤者勿使攻击论治病先观形色然后察脉问证论大病不守禁忌论虚病痰病有似邪祟论面鼻得冷则黑论胎自堕
总论调理精血论直指真源论男女服药论交会宜忌日诊妇人有妊歌妊娠杂病并产生死二歌余不能尽录也调元调经安胎便产转女为男法附方集验方广嗣附方附论一篇论童壮论衰老
序证治总纲治病须明阴阳虚实论治病必审四时用药说辨症订方必先审四诊记用药宜精审慎勿疏忽记胃为生化之源记保身可以却疾说侍疾应知论疟咳嗽记中风肿胀辨虚劳说幼科治验记胸胁腹痛肝胃气逆辨温热温疫辨
卷一十二经循行部位歌头前正面歌头后项颈歌胸腹脊背图手膊臂外内歌足膝外内歌肺经歌大肠经歌胃经歌脾经歌心经歌小肠经歌膀胱经歌肾经歌心包络经歌三焦经歌胆经歌肝经歌任脉歌督脉歌脉诀十二经气血多少歌痈疽总论歌痈