卷第一叙论太阳证阳明证少阳证太阴证少阴证厥阴证两感证三阴三阳传病证卷第二可发汗证不可发汗证四逆证和表证可下证（血证附）不可下证可水不可水证可吐不可吐证可灸不可灸证可火不可火证可温证火邪证卷第三结胸证心
明堂灸经
石山医案
辨症玉函
御制《饮膳正要》序卷第一三皇圣纪太昊伏羲氏炎帝神农氏黄帝轩辕氏养生避忌妊娠食忌乳母食忌饮酒避忌聚珍异馔马思吉汤大麦汤八儿不汤沙乞某儿汤苦豆汤木瓜汤鹿头汤松黄汤汤大麦算子粉大麦片粉糯米粉粉河羹阿菜汤鸡头
金匮玉函要略方论序金匮要略序（出赵本．）金匮玉函要略综概卷一脏腑经络先后病脉证第一（论十三首、脉证三条）湿病脉证第二（论一首、脉证十二条、方十一首）百合狐惑阴阳毒病证治第三（论一首、证三条、方十二首）
祝由十三科
卷上勿药须知疗心法言林鉴堂安心诗养心说养肝说养脾说养肺说养肾说斋说食忌说食饮以宜居室安处论居处宜忌说寝室宜忌说卧时祝法睡诀孙真人卫生歌真西山卫生歌养神气铭孙真人养生铭谨疾箴导引却病法内养下手诀运气法固
序卷一痰火证论痰火证治痰火辨惑痰火玄解痰火绪言痰火咳嗽咳嗽加减主方虚痨久嗽加减主方附∶简易方附∶拙见治验痰火失血导瘀散滞缓急之品诸血主方诸血后虚怯主方附∶吐血简易良方附∶拙见治验自汗盗汗自汗主方盗汗主
原序凡例前编/分野一、〔巅顶〕二、〔头〕三、〔囟〕四、〔额〕五、〔头角〕六、〔枕骨〕七、〔颁〕八、〔HT〕九、〔面〕十、〔眉〕十一、〔目〕十二、〔目睛〕十三、〔瞳子〕十四、〔目眶〕十五、〔目内〕十六、